DICOM → NIFTI · BASIC · 연구·교육용

DICOM을 NIfTI로, 명령어 없이 변환하기

옴니다이콤(OmniDICOM)은 시리즈를 NIfTI로 저장할 수 있는 Mac·Windows용 DICOM 뷰어입니다. 시리즈를 열어 살펴본 뒤 File ▸ Export as NIfTI…를 고르면, 시리즈 하나가 압축된 NIfTI-1 파일(.nii.gz) 하나로 저장됩니다. 원래 값(CT는 HU)과 환자 좌표계의 위치·방향 정보를 담으므로, NIfTI를 읽는 분할(segmentation), 정합(registration), 통계 도구로 바로 가져갈 수 있습니다. 내 컴퓨터에서 실행되며 Basic, Professional, 14일 체험에서 쓸 수 있습니다.

14일 체험하기 앱에서 보기 ↓

카드는 필요 없습니다. 체험이 끝난 뒤에는 Basic 또는 Professional 구독이 있어야 NIfTI로 저장할 수 있습니다.

공개 복부 CT 실제 앱 캡처(환자 정보 숨김): File ▸ Export as NIfTI…에서 원래 값(CT는 HU)으로 내보냅니다. OmniDICOM 1.1.2에서 촬영했으며, 1.1.4의 NIfTI 내보내기도 같습니다.

시리즈마다 .nii.gz 하나

압축된 NIfTI-1 파일로 폴더에 바로 저장

원래 값

CT는 HU, rescale slope·intercept 적용

환자 좌표계

위치와 방향, 밀리미터 단위

OmniDICOM 1.1.4 기준 · 앱 인터페이스: 영어

DICOM 시리즈를 NIfTI로 변환하는 방법

뷰어에서 시리즈 열기. File 메뉴의 Open Folder…를 선택하거나 폴더를 뷰어로 끌어 놓으세요. 로컬 보관함의 스터디는 더블클릭하면 뷰어에서 열립니다. NIfTI는 뷰어에서 저장하며, 보관함 창의 Export로는 저장할 수 없습니다. 시리즈 로딩이 끝날 때까지 기다리세요.
File ▸ Export as NIfTI… 고르기. NIfTI (volume)이 선택된 상태로 Export 대화상자가 열립니다. File ▸ Export…를 열고 형식에서 NIfTI (volume)을 골라도 됩니다.
시리즈 고르기. Current series는 활성 패널의 시리즈, Selected series는 목록에서 선택한 시리즈, All opened series는 불러온 모든 시리즈를 저장합니다. NIfTI 파일에는 항상 시리즈 전체가 들어가므로 Current image는 비활성화됩니다.
값과 저장 폴더 확인하기. More options를 누르세요. Values의 기본값은 Original values (HU for CT)입니다. Export location에서 Folder를 지정하세요. 지정하지 않으면 Export를 누를 때 폴더를 묻습니다. 이미지 크기, 주석, 화질, 프레임 속도 설정은 숨겨집니다. 화면 표시는 파일에 들어가지 않기 때문입니다.
슬라이스가 빠졌을 때만 리샘플링. 슬라이스 간격이 고르지 않은 시리즈는 Resample to even spacing을 체크해야 저장됩니다. 체크하면 빠진 슬라이스를 선형 보간으로 채우고, 파일 이름이 _resampled로 끝납니다.
내보내고 결과 확인하기. Export를 누릅니다. 모든 시리즈를 저장하면 상태 표시줄에 “Exported 3 NIfTI volumes.”처럼 표시됩니다. 그렇지 않으면 Export finished 대화상자에 개수와 저장하지 못한 이유가 최대 다섯 줄까지 나옵니다.

NIfTI 파일에 담기는 것

형식	NIfTI-1. 시리즈마다 압축 파일(.nii.gz) 하나를 내보내기 폴더에 바로 저장합니다. 부가(sidecar) 파일은 만들지 않습니다.
값	rescale slope와 intercept를 적용한 원래 값입니다. CT는 하운스필드 단위(HU), MR은 장비 고유 단위, PET는 파일에 기록된 단위(흔히 Bq/mL, SUV 아님)입니다. 모든 슬라이스의 rescale이 같으면 저장된 정수와 헤더의 slope·intercept로, 아니면 부동소수점 값으로 저장합니다.
위치	방향 행렬(qform과 sform, 둘 다 “scanner”)이 DICOM 좌표를 다른 도구가 쓰는 RAS 규약으로 바꿔 모든 복셀을 환자 좌표계에 놓으므로, 다른 도구에서도 해부학적 방향이 바르게 보입니다. 슬라이스는 슬라이스 법선 방향으로 가장 낮은 위치부터 정렬합니다.
단위	밀리미터
적용하지 않는 것	윈도우, 반전, 필터, 회전, 뒤집기, 자르기, 퓨전, 측정
파일 이름	동영상 내보내기와 같은 방식(S3_….nii.gz)이며, 리샘플링했으면 _resampled, 같은 이름의 다른 볼륨이 있으면 _2가 붙습니다. 같은 시리즈를 같은 폴더에 다시 내보내면 이전 파일을 덮어씁니다.
설명(descrip)	OmniDICOM, 버전, 모달리티, “original values”

값은 화면이 아니라 파일에서 직접 읽으므로, 얇은 슬라이스로 된 긴 시리즈도 빠짐없이 저장됩니다. Professional과 체험에서는 Denoise가 시리즈의 모든 슬라이스를 마쳤을 때 Values에서 Denoised values (HU for CT)도 고를 수 있으며, 이 파일은 이름이 _denoised로 끝납니다.

저장할 수 있는 시리즈

평행한 슬라이스 3장 이상으로 된 원본 시리즈와 Split series로 나눈 볼륨을 저장할 수 있습니다. 여러 위상(phase)이나 에코처럼 볼륨이 여러 개 든 시리즈는 먼저 나누세요. Split series는 툴바의 Layout에 있습니다. 선택한 범위에 이런 시리즈가 없으면 형식이 비활성화되고 “NIfTI needs an original series of 3 or more parallel slices”라는 도움말이 나옵니다.

다음은 저장하지 않습니다:

MPR 단면, 3D 보기 등 뷰어에서 계산한 결과
컬러 영상(NIfTI 내보내기는 흑백 볼륨용)
갠트리를 기울여 촬영한 CT
X-ray나 초음파 영상처럼 위치·방향 태그가 없거나, 픽셀 간격(pixel spacing)이 없는 영상
영상 크기가 섞여 있거나, 슬라이스가 한 묶음으로 쌓이지 않는 시리즈
이 버전에서는 RT dose 격자, 그리고 핵의학 파일처럼 모든 프레임에 위치를 하나만 기록한 멀티프레임 파일

저장할 수 없는 시리즈는 이유를 한 줄로 알려 주고 빼며, 나머지는 그대로 저장합니다. 영상이 3장보다 적은 시리즈는 실패로 세지 않고 제외합니다.

NIfTI 파일은 비식별 처리된 파일이 아닙니다

NIfTI 파일에는 환자 이름이나 ID가 없지만, 비식별 처리된 파일은 아닙니다. 머리 영상은 얼굴로 재구성될 수 있고, 파일 이름에는 시리즈 식별자의 끝부분이 들어갑니다. 데이터셋을 준비한다면 먼저 로컬 보관함에서 비식별 사본을 만들고, 그 사본을 열어 NIfTI로 내보내세요. DICOM 비식별화 방법 →

사용 조건

Basic, Professional 또는 14일 체험. 모든 컴퓨터는 14일 Professional 체험으로 시작하며 카드는 필요 없습니다. 체험이 끝났거나 구독이 만료되면 Export as NIfTI — Needs a subscription 창이 대신 열리고, 아무것도 저장하지 않습니다.
평행한 슬라이스 3장 이상으로 된 원본 시리즈. DICOM 태그에 위치, 방향, 픽셀 간격 정보가 있어야 합니다.
Mac: Apple silicon, macOS 13 이상. Windows: Windows 10/11 64비트. 두 운영체제에서 메뉴와 대화상자가 같습니다.
인터넷 연결은 체험 시작과 라이선스·업데이트 확인에 필요합니다. 볼륨은 내 컴퓨터에 저장되며 어디에도 업로드하지 않습니다.

자주 묻는 질문

NIfTI 파일에 HU 값이 그대로 남나요?

네. CT 시리즈는 rescale slope와 intercept를 적용한 하운스필드 단위(HU)로 저장됩니다. MR은 장비 고유 단위, PET는 파일에 기록된 단위(흔히 Bq/mL, SUV 아님)를 그대로 씁니다.

다른 도구에서도 방향이 맞게 보이나요?

네. 방향 행렬(qform과 sform, 둘 다 “scanner”)이 모든 복셀을 다른 도구가 쓰는 RAS 규약의 환자 좌표계에 밀리미터 단위로 놓으므로, 해부학적 방향이 바르게 보입니다.

NIfTI가 비활성화돼 있으면?

선택한 범위에 평행한 슬라이스 3장 이상으로 된 원본 시리즈가 없다는 뜻입니다. 다른 범위나 시리즈를 고르세요. 위상이나 에코처럼 볼륨이 여러 개 든 시리즈는 먼저 Split series로 나눠야 합니다.

슬라이스가 하나 빠져 있으면?

슬라이스 간격이 고르지 않은 시리즈는 Resample to even spacing을 체크해야 저장됩니다. 체크하면 촬영할 때의 간격으로 균일한 격자에 리샘플링하고, 빠진 슬라이스는 선형 보간으로 채우며, 파일 이름이 _resampled로 끝납니다.

NIfTI 파일은 비식별 처리된 건가요?

아니요. 환자 이름이나 ID는 없지만, 머리 영상은 얼굴로 재구성될 수 있고 파일 이름에 시리즈 식별자의 끝부분이 들어갑니다. 데이터를 공유할 거라면 먼저 비식별 사본을 만드세요.

14일 체험에서도 NIfTI로 저장할 수 있나요?

네. NIfTI 저장은 Basic, Professional, 14일 체험에서 쓸 수 있습니다. 체험이 끝나면 Basic 또는 Professional 구독이 필요하며, Basic은 컴퓨터당 월 US$10 또는 연 US$99입니다.

dcm2niix 같은 명령줄 변환 도구를 대신하나요?

모든 작업을 대신하지는 않습니다. 스크립트로 많은 스터디를 한꺼번에 변환하거나 BIDS 부가(sidecar) 파일이 필요하다면 Chris Rorden이 만든 오픈소스 도구로 널리 쓰이는 dcm2niix 같은 명령줄 변환 도구가 더 맞습니다. 옴니다이콤은 시리즈를 뷰어에서 살펴본 뒤 시리즈마다 .nii.gz 하나를 저장하며, 부가 파일은 만들지 않습니다.

진단에 사용할 수 있나요?

아니요. 옴니다이콤은 연구·교육용입니다. 의료기기가 아니며 진단이나 임상적 의사결정에 사용하기 위한 제품이 아닙니다.

내 시리즈로 확인하세요

14일 동안 NIfTI 내보내기를 써 보세요.

다운로드에 카드는 필요 없습니다. 14일 Professional 체험은 인터넷에 연결된 상태로 처음 실행할 때 시작되며, 체험 중에도 De-identify와 NIfTI 저장을 쓸 수 있습니다. 체험 후에는 두 기능이 모두 포함된 Basic이 컴퓨터당 월 US$10입니다. 체험 중에 내보낸 이미지와 동영상에는 워터마크가 표시되지만, 비식별 사본과 NIfTI 볼륨에는 표시되지 않습니다.

OmniDICOM은 Mac과 Windows 컴퓨터에서 실행됩니다. 컴퓨터에서 이 페이지를 열어 내려받으세요. 그동안 사용법 가이드를 읽거나 YouTube에서 실제 작동 화면을 보세요.

macOS 다운로드 Apple silicon · macOS 13 이상 · .pkg Windows 다운로드 Windows 10/11 · 64비트 · .exe Microsoft Store에서 받기 Windows 10/11 · 설치와 업데이트는 Store에서

macOS 13 이상 · Apple silicon · 서명·공증된 PKG
Windows 10/11 · 64비트 · 서명된 EXE

내려받은 다음에는

Mac: 서명·공증된 PKG를 열고 계속 → 설치를 누른 다음, 응용 프로그램에서 OmniDICOM DICOM Viewer를 여세요.
Windows: 서명된 설치 파일(.exe)을 실행해 안내를 따르거나, Microsoft Store에서 설치하세요. “Windows의 PC 보호” 창이 나타나면 확인 방법을 따르세요.
14일 Professional 체험은 인터넷에 연결된 상태로 처음 실행할 때 시작됩니다. 연구·교육용으로만 사용하세요.

요금제 비교 (영문) · 설치 파일 정보와 검증

NIfTI 내보내기 더 알아보기

영상 출처

영상은 환자 정보를 숨긴 OmniDICOM 앱 캡처입니다. 포인터는 그려 넣었고 대기 시간은 편집했습니다. 촬영에는 공개 CT 연구 데이터를 복사해 데모용 환자 정보를 넣은 사본을 썼습니다. LDCT-and-Projection-data: McCollough C, et al. (2020), The Cancer Imaging Archive, doi:10.7937/9npb-2637, CC BY 4.0, 변경됨; NIBIB 연구비 EB017095, EB017185.